Institut Méditerranéen d’Océanologie

Objectifs

Les objectifs de l’équipe sont de mieux intégrer les activités bactériennes marines ou extrêmophiles et leur diversité dans les grands cycles biogéochimiques de la matière et notamment ceux du carbone, de l’azote et du soufre aux interfaces oxiques/anoxiques.
Ces recherches sont abordées par des approches culturales et moléculaires qui vont jusqu’à l’analyse de métagénome ou du métatranscriptome. Les activités photosynthétiques, la respiration aérobie et les respirations anaérobies (e.g. nitrato-réduction, sulfato-réduction, etc) nous permettent de parfaitement appréhender l’ensemble des processus d’oxydo-réduction qui conduisent à la minéralisation de la matière organique dans les sédiments marins jusqu’à des profondeurs pouvant aller jusqu’à 5000 m, mais également dans les environnements chauds ou salés terrestres ou subterrestres. Toutes ces réactions biologiques qui sont analysées à l’échelle de la cellule (souches pures) ou de la communauté bactérienne (microcosmes) nous conduisent à définir les composantes microbiennes d’intérêt écologique dans ces processus de production et de dégradation, avec un accent mis sur la matière organique récalcitrante et/ou toxique. Au-delà d’aspects strictement environnementaux, ce sont des voies métaboliques particulières impliquées dans les cycles précités (S, N, C) que nous sommes amenées à élucider. Il en est de même pour des mécanismes d’adaptation à des conditions extrêmes ou au stress oxydant. Les travaux que nous conduisons en aérobiose ou en anaérobiose nous permettent de réaliser des isolements de micro-organismes qui viennent constituer une collection privée et qui pour certains peuvent présenter un intérêt dans le cadre d’applications industrielles. Dans ce domaine, nous nous attachons à identifier plus particulièrement les micro-organismes susceptibles d’intervenir dans le domaine des bioénergies (biotechnologie verte).